火灾自动报警系统设备运行中，由于报警控制器部分不能够正常链接到备用电源上，会导致报警控制器不能承载备用电源。另外，火灾自动报警系统在运行中，通常报警控制器主机故障频率较高，对故障的判断正确率相对较低，在实际运行中使用者要采取隔离、屏蔽等方式，以维持系统的正常操作。有些火灾自动报警系统使用年限较长，设备老化情况严重、设备技术较落后，有些部件由于年月久远，较难配置配件，所以造成更换成本高、难度大，一些使用单位只能勉强维持其运营，使得火灾自动报警系统处于带故障运行状态。
火灾自动报警系统的联动设备没有正常启动消防设备，以及没有启动集中报警控制器、自动灭火系统、消火栓系统控制装置、排烟系统、通风系统控制装置、防火卷帘控制器、消防通讯器材等设备，导致发生火灾时，所有相应功能不能发挥作用，不能正常运行。还有一些建筑火灾自动报警系统和自动灭火系统设施不完善，机械排烟等自动消防设施不能实现联动，驱动器会损坏。使得通过总线控制模块联动的消防泵，排烟风机和其他重要消防设施不能运行，不能有效监测运行状态。此外，消防联动过程中多采用手动控制模式，很难保证发生火灾后，能及时启动火灾自动报警系统。
03、火灾探测器选型不当
根据火灾自动报警系统的设计规范要求，做好火灾自动报警系统的选型工作，主要要做好火灾探测器类型的选择工作及探测区域火灾模式的分析，对火灾自动报警系统探测区域的房间高度、环境条件加以分析，对火灾引发的因素加以关注，正确选择火灾探测器型号以避免信息误报。在一些建筑物的火灾自动报警系统构建中，没有正确选型一些检测器未安装同一型号的检测器，易出现检测不一致现象，易出现不报警或假报警的情况，不能发挥有效监测火灾的作用。
04、环境干扰
火灾自动报警系统的运行对环境要求比较高，要去除环境干扰，但在火灾自动报警系统实际运行中，环境较为复杂，受限于外界环境影响。火灾自动报警系统运行中如有条幅遮挡或有装修材料污染，会影响火灾自动报警系统的正常运行。
05、地址标识信息不准确
一些工程在整修过程中，因施工模式改变了检测器下的安装位置，未能及时更新设施数据。由于对火灾自动报警系统安装地址的标识信息和检测器的物理位置记录不一，导致在出现火灾时，火灾自动报警系统不能准确反映火灾的发生位置及出现的情况。
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